Layaknya sekolah pada umumnya, Pondok pesantren pabelan memiliki sebuah organisasi pelajar. Yaitu Organisasi Pelajar Pondok Pesantren Pabelan (OPPP) dibawah bimbingan Bapak Pimpinan Pondok Pesantren Pabelan, Bapak KH Ahmad Mustofa dan Bapak KH Ahmad Najib Amin Hamam, Ibu Pengasuhan Santri, Ibu Dra. Nurul Faizah dan bapak/ibu guru KMI Pondok Pesantren Pabelan.
Akan tetapi, kami memiliki cara yang berbeda dalam memilih seorang ketua, seorang pemimpin yang mampu membawa anggota organisasinya sekaligus seluruh santri pondok pabelan menjalankan tata tertib pondok yang tercantum dalam panca jiwa dan motto pondok. Cara yang digunakan untuk memilih ketua organisasi pelajar ini yaitu pemilu.
Ya. Pemilihan umum. Seluruh santri baik putra maupun putri bebas memilih salah satu kandidat untuk menjadi ketua organisasi dan satu kandidat menjadi wakil ketua organisasi. Tentunya santri putra hanya bisa memilih kandidat putra dan begitu pula santri putri. Kandidat yang akan bertaruh, merekalah yang dipilih teman temannya dengan hasil voting untuk maju sebagai kandidat. Juga dari organisasi sebelumnya membantu memberikan arahan bagaimana menjadi teman yang adil untuk itu. Disini santri dapat belajar bagaimana menggunakan hak pilihnya dengan bijak, juga bagaimana cara berkompetisi dengan sehat dan fair. Kandidat terpilih akan dilihat kembali oleh bapak pimpinan. Dengan itu, kandidat terpilih bersama Ketua Organisasi sebelumnya dapat merancang organisasi pelajar pondok tahun berikutnya yang akan ia bawa.
Dari sinilah perjuangan mereka untuk saling menguatkan dan berjuang bagaimana agar bisa membawa organisasinya untuk menertibkan santri dalam bidang apapun jauh lebih baik dari tahun sebelumnya.