Pondok Pesantren Pabelan menyelenggarakan kegiatan keagamaaan dan keterampilan bagi santri:
- Taklimul Qur’an
- Tahfidzul Qur’an
- Kitab Kuning
- Muhadloroh (Pidato 3 bahasa: Indonesia, Arab, dan Inggris)
- Pramuka
- Marching Band
- Jurnalistik
- Muhadatsah
- Seni Bela Diri
- Micro Teaching
- International Award for Young People
- Pertukaran Pelajar
- Kebugaran Fisik
- Keputrian