Pendidikan jenjang Wustha adalah pendidikan setingkat MTs/SMP dengan basis kurikulum Kulliyat al-Muallimin al-Islamiyah (KMI) selama 3 tahun.

Pada jenjang Wustha santri tidak hanya diajarkan Pelajaran formal dan aspek-aspek ritual agama tetapi juga diajarkan etika; moral; kemandirian dan bagaimana menerapkan nilai-nilai agama dalam kehidupan sehari-hari.