Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Pabelan adalah lembaga tertinggi dalam organisasi Pondok Pabelan yang melaksanakan amanat pendiri Pondok Pabelan (KH Hamam Ja’far) dengan tujuan, usaha, pengelolaan serta prosedur tertentu.
Personalia Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Pabelan
Ketua Dewan Pembina : Dr. H. Rajasa Mu’tashim, M.Si
Ketua Umum Dewan Pengurus: Prof. Dr. H. Jamhari Makruf, MA
Ketua Dewan Pengawas : Prof. Dr. H. Komarudin Hidayat, MA