Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Pabelan adalah lembaga tertinggi dalam organisasi Pondok Pabelan yang melaksanakan amanat pendiri Pondok Pabelan (KH Hamam Ja’far) dengan tujuan, usaha, pengelolaan serta prosedur tertentu.
Personalia Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Pabelan
Ketua : Prof. Dr. Bahtiar Effendy
Wakil : KH. Basri Bakri
Sekretaris : Dr. Radjasa Mu’tasim
Wakil : Dr. Zuhad Masduki
Bendahara : Drs. Farid Ismail, SH, MH
Wakil : Prof. Dr. Qowaid Masyhuri
Anggota : Prof. Dr. Komarudin Hidayat
Drs. M. Habib Chirzin
Drs. Imam Munadjat, SH, M Hum
Dr. H. Mahfudz Masduki
KH Drs. Ahmad Mustofa SH
KH Ahmad Najib Amin
KH Muhammad Balya
Hj. Siti Ambar Fatonah
Dr. Jamhari Ma’ruf
Drs. Fajar Hidayanto, MA