Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Pabelan adalah lembaga tertinggi dalam organisasi Pondok Pabelan yang melaksanakan amanat pendiri Pondok Pabelan (KH Hamam Ja’far) dengan tujuan, usaha, pengelolaan serta prosedur tertentu.

Personalia Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Pabelan

Ketua : Prof. Dr. Bahtiar Effendy

Wakil : KH. Basri Bakri

Sekretaris : Dr. Radjasa Mu’tasim

Wakil : Dr. Zuhad Masduki

Bendahara : Drs. Farid Ismail, SH, MH

Wakil : Prof. Dr. Qowaid Masyhuri

Anggota : Prof. Dr. Komarudin Hidayat

Drs. M. Habib Chirzin

Drs. Imam Munadjat, SH, M Hum

Dr. H. Mahfudz Masduki

KH Drs. Ahmad Mustofa SH

KH Ahmad Najib Amin

KH Muhammad Balya

Hj. Siti Ambar Fatonah

Dr. Jamhari Ma’ruf

Drs. Fajar Hidayanto, MA