Balai Pendidikan Pondok Pesantren Pabelan berada di bawah naungan Yayasan Wakaf Pondok Pabelan. Didirikan oleh K.H. Hamam Dja’far pada tanggal 28 Agustus 1965, Pondok Pesantren Pabelan terletak di Desa Pabelan, Kecamatan Mungkid, Kabupaten Magelang, Jawa Tengah. Tepatnya berada di jalan yang menghubungkan antara Yogyakarta dan Semarang. Kira-kira 35 kilometer dari arah Yogyakarta, 4 kilometer dari Muntilan dan 12 kilometer dari Kota Magelang. Pesantren Pabelan juga terletak di tepi jalur lalu lintas pariwisata Yogyakarta dan Borobudur. Jarak Pabelan ke Candi Borobudur adalah sekitar 9 kilometer.
Pondok Pesantren Pabelan merupakan lembaga pendidikan yang telah mengalami sejarah panjang. Keberadaannya seperti sekarang ini merupakan kebangkitan yang ketiga. Cikal bakal Pondok Pesantren Pabelan dimulai pada tahun 1800-an, ditandai dengan kegiatan mengaji yang dirintis oleh Kiai Raden Muhammad Ali. Tapi kemudian terhenti setelah terjadi perang Diponegoro (1825-1830) hingga waktu yang panjang. Kemudian, pada tahun 1900-an Pondok Pesantren Pabelan ini bangkit kembali di bawah asuhan Kiai Anwar dan dilanjutkan oleh Kiai Anshor. Namun kemudian Pondok Pabelan kembali mengalami kevakuman. Akhirnya, pada tanggal 28 Agustus 1965, salah seorang keturunan perintis Pondok Pesantren Pabelan, Hamam Dja’far, mendirikan kembali Pondok Pabelan dengan sistem dan kurikulum yang lebih modern, diberi nama Balai Pendidikan Pondok Pesantren Pabelan.
Pondok Pesantren Pabelan menyelenggarakan pendidikan untuk santri putra dan putri selama 6 tahun bagi lulusan Sekolah Dasar (SD) atau Madrasah Ibtidaiyah (MI), dan selama 4 tahun bagi lulusan Sekolah Menengah Pertama (SMP) atau Madrasah Tsanawiyah (MTs). Pendidikan formal yang digunakan adalah Kulliyatul Mu’allimien al-Islamiyah (KMI), yang sudah disetarakan dengan SMU berdasarkan SK Mendiknas. Di Pondok Pesantren Pabelan, para santri akan secara otomatis juga mengikuti program pendidikan Madrasah Tsanawiyah (MTs) dan Madrasah Aliyah (MA).
Selain itu, Pondok Pesantren Pabelan juga menyelenggarakan Kelas Takhassus (selama 1 tahun), bagi para santri yang berasal dari SMP atau berkeinginan memperdalam pengetahuan agama, sebagai persiapan masuk kelas 4 KMI atau setara dengan Kelas 1 Madrasah Aliyah.
Para santri tinggal dalam satu kompleks selama 24 jam, di bawah koordinasi pengurus Organisasi Pelajar Pondok Pabelan (OPPP), yang berada di bawah pengawasan dan bimbingan langsung para pimpinan (kiai). Para Pengurus merupakan santri kelas 5 dan 6 yang bertugas selama 1 tahun untuk melaksanakan kebijakan pimpinan pondok. Organisasi ini dimaksudkan untuk melatih santri dalam rangka pemahaman diri terhadap tanggung jawab, kejujuran, disiplin, cakap, dan kreatif sehingga membentuk jati diri yang kokoh