Balai Pendidikan Pondok Pesantren Pabelan terletak di desa Pabelan, Kecamatan Mungkid, Kabupaten Magelang, Jawa Tengah. Komplek seluas kurang lebih 7,0 hal ini berada di tengah permukiman penduduk. Secara geografis letak komplek pondok di Jalan Magelang – Yogyakarta km 12, dari Muntilan 5 km, dan dari Borobudur 9 km.
Balai Pendidikan Pondok Pesantren Pabelan didirikan oleh KH. Hamam Dja’far pada tanggal 28 Agustus 1965. Nama yang ditetapkan sebagai nama Pesantren adalah “Pabelan”, sebuah nama yang sama dengan nama desa dan nama sungai.
Pesantren Pabelan memang tidak memiliki nama lain sebagaimana nama pesantren pada umumnya. Menurut sejarah bahwa kata Pabelan berasal dari kata “bela” atau “pembelaan” yang pada masa perang Diponegoro desa Pabelan menjadi desa pejuang. Sehingga secara konotatif bermakna pembelaan terhadap kepentingan rakyat banyak.
Lembaga yang berada di bawah Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Pabelan ini menyelenggarakan pendidikan untuk santri putra maupun putri selama 6 (enam) tahun dan tambahan 1 (satu) tahun pengabdian atau praktik mengajar dengan kurikulum SPM Muallimin (Satuan Pendidikan Muadalah) yang berbasis Kulliyatul Mu’allimien Al-Islamiyah (KMI) adopsi dari Pesantren Modern “Darussalam” Gontor Ponorogo.
Balai Pendidikan Pondok Pesantren Pabelan didukung oleh sumber daya manusia yang sesuai dengan tuntutan kebutuhan terkini dan masa depan. Tenaga pengajar (pendidik) berasal dari para alumni, non-alumni dan bantuan dari pemerintah yang sebagian besar telah bersetifikat pendidik.
Lembaga ini juga bekerjasama dengan berbagai negara, misalnya pemerintah Mesir melalui program bantuan tenaga pendidik, dengan Pemerintah USA melalui program AMINEF.
Pada tahun 1980 Pondok Pabelan mendapat penghargaan internasional untuk penataan arsitektur dari piala "Aga Khan Award for Architecture" yang diserahkan oleh presiden Pakistan Zia-ul Haq dan penghargaan untuk penataan lingkungan hidup dari Prof. Emil Salim pada tahun 1982 dengan piala "kalpataru" dan prestasi lainnya.
Para santri tinggal dalam satu komplek, yang kegiatannya selama 24 jam diorganisir oleh Organisasi Pelajar Pondok Pabelan (OPPP) di bawah pengawasan dan bimbingan langsung oleh bapak kiai (Pimpinan/Pengasuh). Para pengurus ini adalah santri kelas lima dan enam KMI yang bertugas selama satu tahun untuk melaksanakan kebijakan dan membantu pimpinan/pengasuh dalam menega kedisiplinan. Organisasi ini bertujuan untuk melatih santri dalam rangka pemahaman diri terhadap tanggung jawab, kejujuran, disiplin, cakap, dan kreatif sehingga terbentuk jati diri yang kokoh.