Seni bela diri adalah bentuk pertahanan diri yang sudah di kenal sejak zaman dahulu, selain sebagai bentuk pertahanan diri, seni bela diri juga bisa menjadi pembelajaran pengolahan tubuh dan baik untuk Kesehatan.
Pondok Pesantren Pabelan membekali para santrinya tidak hanya ilmu agama dan pengetahuan saja, namun para santri juga di bekali ilmu bela diri. Hal demikian dimaksudkan agar para santri memiliki bekal Ketika terjun kedalam masyarakat.
Karena Ketika santri terjun ke kehidupan bermasyarakat akan di hadapi oleh masalah yang komplek baik secara sosial maupun pribadi, agar para santri mampu membela dirinya sendiri dan orang lain Ketika benar.
Pondok Pesantren Pabelan memiliki bermacam-macam kesenian bela diri, di antaranya Pencak Silat, Taekwondo, Karate. Santri pun dapat memilih kesenian bela diri yang mereka minati.
Adapun santri yang berprestasi dalam seni bela diri dapat mengikuti kejuaraan atau kompetisi yang bersekala nasional maupun internasional, hal itupun dapat menjadi pemacu semangat santri dalam seni bela diri yang mereka ikuti. Dan menjadi pengalaman tersendiri bagi para santri.
Silat Pondok Pesantren Pabelan juga sering mengikuti lomba seperti Yogyakarta Championship yang di adakan di Yogyakarta, kemudian Taekwondo Pondok Pesantren Pabelan sering mengikuti lomba yang di selenggarakan oleh DISDIKPORA di Jakarta.
Dengan demikian bahwa seni bela diri merupakan kegiatan yang positif bagi para santri untuk menyalurkan bakat dan minat mereka masing-masing, dan diharapkan bermanfaat di kemudian hari.