Penyakit Campak dan Rubela adalah penyakit menular yang berbahaya, yang dapat menyerang anak dan orang dewasa. Karena itu, Pemerintah mengadakan kampanye imunisasi MR yang dilakukan dalam dua fase. Fase pertama di Pulau Jawa pada tahun 2017. Fase kedua diluar Pulau Jawa tahun 2018. Setiap fase dibagi menjadi dua tahap. Tahap satu pada bulan Agustus diadakan di sekolah dan pada bulan September difasilitas kesehatan ( Puskesmas, Posyandu ).
Pondok Pabelan turut melaksanakan imunisasi yang diperuntukkan bagi santri Madrasah Tsanawiyah. 15 Agustus 2017, tim dari Puskesmas Kecamatan Mungkid yang diketuai Siti Irhamni datang untuk melakukan imunisasi. Sejumlah 288 santri ditambah 15 santri putra dan putri yang telah mengikuti Jambore mendapat imunisasi yang dilakukan oleh 7 orang tim dari puskesmas kecamatan yang dilakukan di kelas masing-masing.
Sebelum diadakan imunisasi, 20 Juli 2017, seluruh guru UKS telah mendapat sosialisasi tentang kampanye imunisasi MR yang dilaksanakan di aula Puskesmas Mungkid dengan pembicara dr. Hermanu dan Siti.