Pada tahun 1991, Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Pabelan yang waktu itu diketuai oleh Drs. H. Wasit Abu Ali (alm.) mendirikan Madrasah Aliyah Pondok Pesantren Pabelan dengan SK Pendirian: WK/5.d/218/pgm/MA/1991. Pada waktu itu, statusnya masih ‘terdaftar’. Kemudian, pada tahun 1998, statusnya meningkat menjadi ‘diakui’, dan pada tahun 2005 Madrasah Aliyah Pondok Pesantren Pabelan mendapatkan akreditasi A (Sangat Baik).
Visi Madrasah Aliyah adalah meningkatkan dan mengembangkan potensi dan sumber daya manusia, sehingga tercapai sumber daya manusia Indonesia yang unggul dan berkualitas, beriman, bertakwa, berbudi tinggi, cerdas, terampil, dan mandiri, untuk mencapai tujuan pembangunan nasional.