Sejak tahun 2004, Pondok Pesantren Pabelan lewat program Madrasah Aliyah (MA) menerima bantuan berupa Program Penguatan Sains dan Teknologi (STEP 2: Sci- ence and Technology Equity Program Р2) sehingga dibangun Laboratorium  Fisika, Kimia, Biologi, Komputer,  Bahasa dan Keterampilan Tata Busana.

Yang berfungsi menunjang sekaligus mendukung kegiatan belajar mengajar KMI Pondok Pesantren Pabelan, melalui sarana Laboratorium Terpadu dengan peralatan lengkap. Mem- bantu proses perkembangan keterampilan santri pada bidang IPA, Komputer, Bahasa, dan Tata Busana.